Clinici și secții
- Anestezie și terapie intensivă
 - Centrul de medicină dentară
 - Dermatologie
 - Endocrinologie și Diabetologie
 - Centrul oftalmologic
 - Gastroenterologie, Hepatologie, Endocrinologie și Boli infecțioase
 - Chirurgie generală și viscerală
 - Obstetrică și Ginecologie
 - Centrul de cardiologie, Universitatea din Freiburg
 - Hematologie, oncologie și transplant de celule stem
 - Nefrologie și îngrijire primară
 - Medicină nucleară
 - Centrul de neurologie
 - Chirurgie ortopedică și traumatologică
 - Otorinolaringologie (ORL)
 - Pediatrie
 - Chirurgie plastică
 - Pneumologie
 - Psihiatrie/Tulburări mintale
 - Radioterapie oncologică
 - Radiologie
 - Reumatologie și imunologie clinică
 - Chirurgie toracică
 - Urologie
 
- Institutul de genetică umană
 - Departamentul de terapie a mișcării și epidemiologie sportivă
 - Institutul de chimie clinică și medicină de laborator
 - Centrul pentru metabolismul lipidic
 - Institutul de medicină pentru muzicieni
 - Institutul de patologie
 - Institutul pentru prevenirea și combaterea cancerului
 - Institutul de medicină legală
 - Institutul de medicină transfuzională și terapie genetică (ITG)
 - Institutul pentru controlul infecțiilor și igiena spitalelor
 - Centrul de geriatrie și gerontologie Freiburg
 - Centrul universitar de medicină complementară
 - Centrul de continență
 - Centrul de sănătate a sânului
 - Centrul pentru boli rare
 - Centrul de biometrie și informatică medicală
 - Centrul de microbiologie și igienă
 - Centrul de medicină a somnului
 - Centrul pentru boli musculare
 - Centrul universitar de urgență
 - Centrul comprehensiv de tratament al cancerului - CCCF
 - Centrul de transplant
 - Fizioterapie
 - Centrul pentru imunodeficiență cronică (CCI)